这个问题可大了，医学院有一门课叫做微生物学，半本书是讲细菌的，这还是本科生教材。专业的微生物学有厚厚一大本。
简单的说，从形态上分，有杆菌，球菌，弧菌，分枝杆菌等等
从对不同染色方法呈现的颜色可以分格兰氏染色阴性，格兰氏染色阳性菌等
从生存条件分又分厌氧，需氧，耐氧等等
区别有形态上的不同，生存条件不同，繁殖方式不同，传播途径不同，染色不同，酸碱性不同，抗原性不同，进入体内后抗体产生情况不同等等。
治疗一般是用抗生素，又包括光谱的（杀好多类）和特异性的（针对一类）
如果有兴趣进一步了解，可以看看这里（37度医学网）的微生物教材，我看了一下，和本科或者大专的教材差不多。http://www.37c.com.cn/literature/literature03/literature03_search.asp?filename=007/default.htm